Στόχος του Ευγενιδείου είναι να προσφέρει σε κάθε Έλληνα ασθενή νοσηλεία υψηλού επιπέδου σύμφωνα με διεθνή πρότυπα. Οι μονάδες και τα εργαστήρια του Ευγενιδείου Θεραπευτηρίου στελεχώνονται από καθηγητές της Σχολής Επιστημών Υγείας του ΕΚΠΑ, Ιατρική, Οδοντιατρική, Νοσηλευτική, καθώς και από άλλους ιδιώτες εξωτερικούς συνεργάτες ιατρούς, όλοι επιστήμονες διεθνούς κύρους με μεγάλη εμπειρία και τεχνογνωσία. Η στενή συνεργασία του Θεραπευτηρίου με Πανεπιστημιακούς Καθηγητές και επιφανείς ιατρούς  με μεγάλη εμπειρία σε νοσηλευτικά ιδρύματα του εξωτερικού, έχει ως αποτέλεσμα την εφαρμογή όλων των νεότερων κλινικών διαγνωστικών και θεραπευτικών πράξεων μερικές από τις οποίες πραγματοποιούνται κατ’ αποκλειστικότητα ή σε λίγα νοσοκομεία της Ελλάδας. Πρότυπες μονάδες του Θεραπευτηρίου έχουν τύχει παγκόσμιας διάκρισης και αναγνώρισης για την ποιότητα των υπηρεσιών τους.

Η λειτουργία των μονάδων βασίζεται σε διεθνή πρωτόκολλα και εναρμονίζεται με τις οδηγίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης με
στόχο την παροχή υπηρεσιών ποιότητας και υψηλών προδιαγραφών.

Εκτός από το κλινικό έργο, οι μονάδες του νοσοκομείου έχουν να επιδείξουν σημαντικό και ευρύ εκπαιδευτικό και ερευνητικό έργο. Στους χώρους του Θεραπευτηρίου εκπαιδεύονται προπτυχιακοί  φοιτητές της Ιατρικής και της Νοσηλευτικής Σχολής του ΕΚΠΑ καθώς και σημαντικός αριθμός μεταπτυχιακών φοιτητών. Στο Ευγενίδειο οργανώνονται επίσης με επιτυχία μετεκπαιδευτικά και μεταπτυχιακά σεμινάρια ειδικευόμενων και ήδη ειδικευμένων ιατρών. Στο σημαντικό ερευνητικό έργο περιλαμβάνονται οι πολλές μελέτες επιστημονικών ομάδων του Θεραπευτηρίου, τα αποτελέσματα των οποίων έχουν παρουσιαστεί σε παγκόσμια και ελληνικά συνέδρια και έχουν δημοσιευτεί σε διεθνή περιοδικά.

Στο νοσοκομείο λειτουργούν εξωτερικά ιατρεία, παθολογικού και χειρουργικού τομέα, τα οποία δέχονται μεγάλο αριθμό ασθενών καθημερινά.

Η λειτουργία του νοσοκομείου κατανέμεται στους Παθολογικό, Χειρουργικό και Εργαστηριακό Τομέα. Ο Παθολογικός Τομέας διαθέτει τμήμα Γενικής Παθολογίας, Καρδιολογικό, Νεφρολογικό, Γαστρεντερολογικό, Πνευμονολογικό. Μεγάλη ανάπτυξη παρουσιάζει το τμήμα Επεμβατικής Καρδιολογίας με πρόσφατες επενδύσεις ενός εκατομμυρίου ευρώ περίπου.
Στο Χειρουργικό Τομέα συγκαταλέγονται το τμήμα Γενικής Χειρουργικής, Ορθοπεδικό, Ουρολογικό, Οφθαλμολογικό, Πλαστικής Χειρουργικής, Γυναικολογικό, Γναθοχειρουργικής, Θωρακοχειρουργικό και Αγγειοχειρουργικό. Πραγματοποιούνται σημαντικός αριθμός επεμβάσεων ήπατος-παγκρέατος, παχέος εντέρου, νοσογόνου παχυσαρκίας, κακοηθειών ενδοθωρακικών οργάνων, κακοηθειών κεφαλής και τραχήλου, νευροχειρουργικές επεμβάσεις τοποθέτησης νευροδιεγερτών εγκέφαλου-νωτιαίου μυελού, γυναικολογικών και ουρογεννητικών προβλημάτων,

μαστεκτομές, ιδιαίτερα αυξημένος αριθμός επεμβάσεων θυροειδούς, ογκολογικές ορθοπεδικές επεμβάσεις καθώς και γόνατος, ισχίου και ώμου, ενώ αντιμετωπίζονται όλες οι διαταραχές οφθαλμών με ιδιαίτερη έμφαση στις μεταμοσχεύσεις κερατοειδούς, επεμβάσεις νεοπλασίας προστάτη, ουροδόχου κύστεως, νεφρού, λιθοτριψίες, και αντιμετωπίζονται αγγειακές παθήσεις, καθώς και όλες οι αισθητικές επεμβάσεις και αποκαταστάσεις μαστού.

Στις Ειδικές μονάδες ανήκουν η Πανεπιστημιακή Μονάδα Εντατικής Θεραπείας ενώ στα Διαγνωστικά Εργαστήρια περιλαμβάνονται το Μικροβιολογικό – Βιοχημικό και το Ακτινοδιαγνωστικό με δυνατότητα μαστογραφίας, υπερηχογραφίας σώματος, καρδιολογική υπερηχογραφία, οστικής πυκνομετρίας, καθώς και η λειτουργία αξονικού τομογράφου. Στελεχώνονται από ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό επίσης με μακρόχρονη εξειδίκευση και διεθνή αναγνώριση, ενώ πολλοί από τους ιατρούς είναι καθηγητές Πανεπιστημίου.